カーネル2.6の設定とコンパイルはgenkernelを使わず、すべて手動で行う。単なる好みの問題（genkernelの完成度が低かった当時、ひどい目にあったからだったりするのだが）。

# cd /usr/src/linux
# make menuconfig

でカーネルコンフィグを行う。
カーネル2.4の.configを使ったmake oldconfigを行ってはいけない（ガイドのとおり）。

まず、カーネル2.4と同様、

Code maturity level options --->
  [*] Prompt for development and/or incomplete code/drivers

を有効化し、CPUを設定。

Processor type and features --->

カーネル2.6使用時は、以下が必須オプション。ファイルシステム関係は、

File systems --->
  Pseudo Filesystems --->
    [*] /proc file system support
    [*] Virtual memory file system support (former shm fs)
    [*] /dev file system support (OBSOLETE)
      [ ]   Automatically mount at boot

「/dev file system support (OBSOLETE)」はオンのままでもよいが、その際「Automatically mount at boot」は無効化すること。

さらに、最低1つはファイルシステムを有効にする。

  <*> Reiserfs support
  <*> Ext3 journalling file system support
  <*> JFS filesystem support
  <*> Second extended fs support
  <*> XFS filesystem support

udev用に

General setup  --->
 [*] Support for hot-pluggable devices
Device Drivers  --->
 Block devices  --->
  <*> RAM disk support

ビープ音を出したい場合は、

Device Drivers  --->
 Input device support  --->
  [*] Misc
   <*>   PC Speaker support

も設定。XやUSBは不要なのでパス。

設定が終わったらmenuconfigから抜けて、

# make && make modules_install

でカーネルをコンパイルする。コンパイルが終わったら、

# mount /boot
# cp arch/i386/boot/bzImage /boot/kernel-2.6.9-gentoo-rx
# cp System.map /boot/System.map-2.6.9-gentoo-rx

でカーネルとSystem.mapを/bootにコピーする。外部モジュールやALSAは必要ないのでパス。

準備ができたら、GRUBのインストールと設定を参考に、カーネル2.6用の設定を/boot/grub/grub.confに追加（2.4の設定は一応残す）してリブート。

次は、最も時間がかかるNPTLの導入。